De geschiedenis van de Zuiderfrontier begint met de versterkte steden in het gebied. Ten gevolge van de Tachtigjarige oorlog gaan ze ook een militaire rol vervullen, vaak vanwege hun strategische ligging. Zeeuws-Vlaanderen en het huidige Noord-Brabant vormen een mooie buffer tussen de Spaanse aanvallers en de verdedigers van de Republiek. Daarnaast vormen de vestingen ook een mooie uitvalsbasis voor aanvallen zuidwaarts. Na de val van Antwerpen in 1585 krijgen de forten ten noorden van Antwerpen ook de functie om de Schelde af te sluiten.
In een lange strijd, ondermeer onder bevel van de veldheren Maurits en Frederik Hendrik, lukt het de Staatse troepen om de vestingen te veroveren en de greep op het gebied te versterken. Deze vestingen in het grensgebied (de frontier) worden vaak aangeduid als frontiersteden of -vestingen. Beide partijen leggen nieuwe verdedigingswerken aan en maken gebruik van inundaties (onderwaterzettingen) om de vestigen beter te beschermen. In verschillende gevallen ontstaan hieruit de eerste verdedigingslinies. Enkele voorbeelden hiervan zijn de linie van Oostburg in het westen van Zeeuws-Vlaanderen en de linie van Bergen op Zoom naar Steenbergen.
Na elke gevechtsperiode wordt er weer bezuinigd op het onderhoud van de verdedigingswerken waardoor deze vaak vervallen.
Na de Tachtigjarige Oorlog ontpopt Frankrijk zich als nieuwe tegenstander van de Republiek. Maar de Hollandse Oorlog (1672-1648) en de Negenjarige Oorlog (1688-1697) vormen geen echte bedreiging voor de Zuiderfrontier omdat de strijd zich voornamelijk buiten de frontier afspeelt. Alleen het oosten van Brabant, rond Grave, raakt bij de strijd betrokken. Men ziet wel steeds meer in dat het land gediend is bij een betere verdediging. Tegen het einde van deze periode begint men verschillende vestingen te verbeteren. Ondermeer Sas van Gent en Bergen op Zoom krijgen geheel nieuwe verdedigingswerken en verschillende andere vestingen worden verbeterd. Rond 1698 krijgt Menno van Coehoorn opdracht de versnipperde verdediging van Zeeuws-Vlaanderen te verbeteren. Hij komt daar met een uitgebreid plan om de verschillende delen van het gebied met behulp van inundaties aan elkaar te koppelen.